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Am bekanntesten ist APL für seine Fülle an Sonderzeichen, die es für den Uneingeweihten als ein vollkommenes Rätsel erscheinen lassen. Auf den ersten Blick. Tatsächlich verwendet APL keine Schlüsselwörter, sondern für seine "Primitiven", d.h. für die elementaren APL-Funktionen, jeweils ein spezielles Sonderzeichen. Viele Sonderzeichen sind der mathematischen Notation entnommen, andere hinzuerfunden worden.

Zum einen hat die Verwendung von vielen Sonderzeichen anstatt Namen viele Nachteile: Es muss ein spezieller Zeichensatz verwendet werden, ein Problem, das im Zeitalter von Truetype-Schriften allerdings entschärft ist, früher jedoch ein großes Problem war. Dann sind "innerhalb" des Systems viele Zeichencodes mit APL-Zeichen belegt, Zeichencodes, die in der Außenwelt (meist ASCII oder Unicode, manchmal EBCDIC) eine andere Bedeutung haben. Die fällige Umcodierung wird allerdings meist von den APL-eigenen I/O-Funktionen übernommen.

Zum anderen hat es auch Vorteile: Es ist wider Erwarten keineswegs schwer, sich die Bedeutung von Sonderzeichen zu merken. Praktisch jeder, der APL lernt, macht die Erfahrung, dass sich die Bedeutungen der speziellen Zeichen immer schon beim ersten Mal fest im Gehirn verankern. Nachschlagen "Wie heißt die Funktion nochmal?" ist bei APL sehr selten.

Ein einziges Problem hat vielleicht fast jeder, der APL-verwendet: Manchmal kann sich auch der geübte einfach nicht daran erinnern, wo genau nun dieses eine bestimmte Zeichen war, das man doch gerade braucht. Welche Tastenkombination war es nun noch gleich? "Strg-4", "Strg-5", oder doch "Strg-Alt-5"?

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